2006年6月20日、政府はイラク南東のサマワに派遣していた陸上自衛隊を撤収することを決定した。7月17日に最終部隊がクウェートに到着し、陸上自衛隊によるイラクでの活動は終結した。03年7月26日に国会で可決成立したイラク復興支援特別支援措置法に基づいて行われた活動であり、04年に入ってから派遣された陸上自衛隊の隊員は合計で5500人にのぼった。06年5月20日にイラクで正式政府が発足し、陸自部隊の駐留するサマワの治安維持権限がイラク新政府に移譲されたこと、また人道復興支援活動が一定の役割を果たしたということが、撤収の理由であった。ただし、イラクにおける航空自衛隊の輸送協力などは依然として継続される。幸いなことに一人の犠牲者を出すこともなく任務を終了させることができた。