日本および在日米軍基地へのミサイル攻撃を迎撃するための日米の共同研究は、1998年8月に北朝鮮が日本の上空を越え三陸沖に落下した3段ミサイル（テポドン1）を発射したことを契機に、同年12月に開始が決定された。イージス艦に配備する次世代型迎撃ミサイル（SM3ブロックIIA）につき共同研究が進められ、2005年12月に政府は06年度より日米共同開発に移行することを決定した。そのため武器輸出三原則も緩和された。06年3月に日本担当部分のノーズコーンの試験に成功した。11年6月に両国は共同開発中のSM3ブロックIIAにつき、一定の条件で第三国移転を認めることで合意した。当初2006～14年の9年間が予定されていたが、11年9月に2年間延長し16年までとすることが決定された。