人里近くにあって人々の生活と結びついた山や森林の自然を、環境省が自治体やNPOなどと協力して保全する事業。2004年6月、秦野市などの神奈川西部地域、京都府宮津市、綾部市、福井県武生市（当時）などの京都北部・福井地域、三田市などの兵庫南部地域、宮原町（当時）など熊本南部地域の4地域が対象に選定された。里山は適度に人手が入ることで独自の生態系が保たれてきたが、管理不足や乱開発で環境が悪化している。このため、NPOや森林組合、農水省などとも連携して森林の下刈り、ため池の管理、動植物の生息地の造成といった保全活動によって里山の生態系を回復させる。事業は08年度まで。