食品に残留する農薬については、食品衛生法によって残留基準（対象作物ごとに農薬の種類と量）が設けられている。かつてはこの規制がネガティブリスト方式といわれ、基準が定められている作物と農薬については、その基準量を超えてはならないが、基準が定められていないものについては、残留してもかまわないとされてきた。2006年5月に規制方式がまったく異なるポジティブリスト方式を採用。新しい基準では、残留基準が定められている作物と農薬については、当然その基準を超えてはならないが、基準が定められていないものについては、一律基準として0.01ppmが定められた。基準が定められていない農薬がこの基準を超えて残留していれば食品として販売できない。現在、世界中では成分として800近い農薬が販売されており、業者はそのすべてに目を配らなくてはならなくなった。また、農産物のみならず加工食品にも適用されるので、加工食品メーカーも原材料に目を配る必要がある。栽培に当たっては、近隣の畑から飛散する農薬についても注意しなければならない。