微生物の力を利用した加工食品。酒類、発酵調味料も含まれる。酒は原料に含まれるでんぷんをカビ（麹菌）でブドウ糖に分解し、酵母でアルコール発酵させる。発酵調味料は、主に大豆を原料として、麹菌でたん白質を分解する。分解を途中のペプチドで止めるのが味噌であり、完全にアミノ酸まで分解するのが醤油である。食酢は、細菌（酢酸菌）によりアルコールを酢酸に変換する。代表的な発酵食品には、野菜を食塩とともに漬け込む漬物がある。漬物では植物性乳酸菌が働き、酸味を呈する。乳を動物性乳酸菌で発酵させたものが発酵乳で、半固形のものはヨーグルトと呼ばれる。乳酸菌は腸内環境を改善するほか、免疫賦活作用があり、その健康効果は高い。