不動産所得、事業所得、山林所得が生じる業務を行う個人は、青色申告で確定申告書を提出することで青色申告特別控除を受けることができる。その対象はまず、これらの業務を事業的規模で行っていない個人。これらの所得から最大10万円を控除できる。また、事業的規模で行っている個人で、これらの事業につき帳簿書類を備え付けて、正規の簿記の原則に従って記録している場合も、これらの所得から最大65万円の控除が認められる。
2018年度の税制改正では、給与所得控除や公的年金等控除について10万円を減額することに合わせて、事業的規模で行っている個人の青色申告特別控除を55万円に減額する。ただし、(1)仕訳帳と総勘定元帳について、電子計算機を使用して作成する国税関係帳簿書類の保存方法等の特例に関する法律に定めるところにより電磁的記録の備付け及び保存を行っていること、(2)その年分の所得税の確定申告書、貸借対照表及び損益計算書等の提出を、その提出期限までに電子情報処理組織（e-Tax）を使用して行うこと、このいずれかを満たす場合には、改正前と同様に最大65万円の控除が認められる。e-Taxによる申告を推進するために(2)の要件を設けた。（→「青色申告／白色申告」）