国際宇宙ステーション（ISS）に搭乗する宇宙飛行士の指揮官。2014年3月から5月にかけて、JAXA（宇宙航空研究開発機構）の若田光一宇宙飛行士が、第39代のISS船長を務めた。アジア圏からの船長は、若田氏が初めてとなった。
ISSの乗組員は3人1組のチームを組み、滞在期間は5～6カ月。ISSには常時2組6人の宇宙飛行士が滞在し、2～3カ月ごとに1組が交代するローテーションとなっている。船長は、滞在日数の長いチームのトップが就任し、任期は2～3カ月。ISS乗組員の人的マネージメントに責任を持つと同時に、火災などの緊急事態時の意思決定の権限を持つ。船長は、複数回の飛行経験を持ち、なおかつマネージメント能力があると判断された宇宙飛行士の中から専門の訓練を経て選抜される。若田宇宙飛行士までの歴代船長はアメリカとロシアがほぼ半々で分け合っており、カナダと欧州が1人ずつ船長を出している。ISS計画主要参加国の中で船長を出していないのは日本だけとなっていた。