独立行政法人のうち、研究開発を主たる事業とするものは2015年より国立研究開発法人となり、他の独立行政法人よりも高い自由度を与えられた。この31法人のうちで、世界トップレベルの成果が期待される、理化学研究所、産業技術総合研究所、物質・材料研究機構の3つの機関が16年10月に特定国立研究開発法人に指定された。指定機関では、優れた人材を確保するために、組織の長の裁量で研究者の給与を高額に設定することなどができる。なお、公立大学法人に関しては、類似の制度として指定国立大学法人の制度が発足し、16年末に公募が開始された。