生物群集と無機的な環境とを統合した系をいう。生物群集は、生産者・消費者・分解者に分けられ、無機的な部分は、水・空気・土壌などの媒質、岩石・礫（れき）・砂・土・泥などの基質、光・二酸化炭素・水・塩類・酸素・有機化合物など物質代謝の材料などが含まれる。生態系はふつう無機的な環境により分類されるが、どの範囲を一つの生態系とみなすかは、基準のとり方により様々である。例えば、一つの池や湖、森林などを一つの生態系とみなすこともあれば、海洋と陸地のような大きなまとまりや、極端な場合には地球全体を一つの生態系とすることもある。しかし、陸水、海洋、陸地と大別することも多い。生態系内の物質循環、エネルギーの流れなどを調べるのが、生態学（ecology）の主な課題である。