外来種から国内の生態系を守るための法律。2005年6月1日施行。同法で指定された外来の動植物は、飼育などに国の許可が必要となり、違反者は個人なら3年以下の懲役または300万円以下の罰金が科せられる。施行時に指定された外来動植物は、タイワンザル、アライグマなど37種で、魚類ではオオクチバス、コクチバス、ブルーギル、チャネルキャットフィッシュなど4種だった（2008年1月1日現在96種と13種）。1970年ころに始まるバス釣りブーム以降、アユの稚魚放流などに紛れ込み、あるいは違法放流されたブラックバス（→「ブラックバスすみ分け案」）は、ほぼ日本全国で生息が確認された。肉食で繁殖力旺盛なブラックバス（オオクチバス、コクチバス等）は、在来の淡水魚の生態に影響を与えるため放流を禁じられているが、在来種減少の原因はブラックバスばかりではなく、むしろ水環境の悪化こそが原因だと、バス擁護派は反発している。同法施行後は単に釣ったり、釣った魚をその場で放すキャッチ・アンド・リリースなどは問題ないが、指定魚の移動は罰せられる。琵琶湖を擁する滋賀県では、02年10月からブラックバス等のリリース（再放流）も禁止している。これを受け、バス擁護派により、これを定めた滋賀県の「レジャー利用適正化条例」に従う義務がないことの確認などを求めた訴訟が起こされたが、却下された。琵琶湖では外来魚駆除を目的とした釣り大会を開催したり、宮城県伊豆沼では人工産卵床を沈め産卵した卵を回収している。北海道では電気ショックによる撲滅作戦を展開し、07年5月に駆除終了宣言を出した。