マラソンレースの起源となった紀元前490年のペルシャ戦争の古戦場、マラトンの丘からスタートしてアテネ市内のパナシナイコス競技場へゴールする片道コースで行われる。クーベルタン男爵の提唱により1896年に開かれた第1回のアテネ・オリンピック、2004年の2度目のオリンピックで使用されたのとほぼ同じルートで、高低差が200メートルもあるタフなコース。ペルシャ戦争から2500年の節目になる2010年10月31日の記念大会には例年の2倍の2万人余りが参加し、ギリシャのパパンドレウ首相も10キロの部に出場してお祭りムードを盛り上げた。1969年には男子で君原健二が日本選手で初めて優勝したほか、女子では2008年に尾崎朱美、09年に田上麻衣が連続優勝を飾っている。