1957年に東西のプロゴルフ協会が合併して設立されたプロゴルファーの団体。99年に日本ゴルフツアー機構（JGTO）が分離して国内の主要なトーナメントを主催することになり、JPGAはゴルフの普及と発展を目的とする社団法人として、プロゴルファーの資格認定や指導者の育成などを行っている。日本メジャー大会の日本プロゴルフ選手権大会を主催、シニアツアーを管轄している。2006年6月17日に幹部3人が会長選をめぐる有印私文書偽造・同行使の容疑で逮捕される事件などが発生。団体として大きなイメージダウンを受けた。