1999年に日本プロゴルフ協会（JPGA）から独立し、独立採算制で日本男子のプロゴルフツアー公認試合について主催、管轄している団体。98年まではJPGAのプロテストに合格しないとツアー競技の正式メンバーになれなかったが、JGTOの設立により、99年以降はクオリファイトーナメント（QT）といわれる予選会に出場して一定の成績を挙げれば、JPGAのプロ資格がなくても事実上のプロ選手として出場できる権利が与えられる仕組みになった。一方でスター選手が不在のため、トーナメントのテレビ視聴率は低迷が続いたが、2007年に15歳の石川遼が史上最年少でツアー優勝を果たし、08年からプロに転向したことで、ツアー全体の人気が回復。同年のツアー入場者数は前年比23.14％増の約52万人を記録し、7年ぶりに50万人を突破した。最終戦の日本シリーズ最終日の平均視聴率は、00年以降最高の14.6％（関東、ビデオリサーチ）を記録した。