時間外休日労働協定のこと。三六協定の名称は、労働基準法36条にその定めがあることに由来する。災害等による臨時の必要がある場合を除き、使用者は三六協定を締結し、これを所轄労働基準監督署長に届け出なければ、時間外労働（1日8時間または週40時間の法定労働時間を超える労働）や休日労働（4週4日の法定休日における労働）を労働者に命じることができない。事業場における過半数組合（労働者の過半数を組織する労働組合）、または過半数組合がない場合には過半数代表者（労働者の過半数を代表する者）が、協定の締結当事者となる。届出件数が年間100万件を超えるような協定は、三六協定以外にはない。現在、厚生労働大臣は、告示で時間外労働の限度を1カ月45時間、1年360時間などと定めているが、2018年の労働基準法改正により、限度時間は同法に定める基準とすることが予定されている。また、この限度時間を超えて労働時間を延長しなければならない臨時的な特別の事情がある場合に締結される特別条項についても、1カ月100時間未満、1年720時間を上限とすることが法定される予定（→「時間外労働の上限規制」）。