議員が院内の秩序をみだしたときは、議院による懲罰が認められている。暴力行為のほか、無礼の言を用いる、他人の私生活にわたる言論をする、故なく会議に出席しないなども対象となるが、汚職や選挙違反、政治資金関係の違反等は「院内の秩序をみだしたとき」には該当しないとされる。懲罰事犯は懲罰委員会での審査後本会議で宣告される。懲罰には、(1)公開議場における戒告、(2)公開議場における陳謝、(3)一定期間（30日以内）の登院停止、(4)除名があるが、(3)と(4)の差が大きいことが第164回国会(2006年)の偽メール問題の際に問題となり、見直されることになったが、実現していない。除名は本会議の出席議員の3分の2以上の多数を要し、その例は衆参1件ずつ。