防衛省が、2008年12月10日、「防衛省改革会議報告書」に示された原則及び具体的内容を踏まえ、官邸の司令塔機能強化のための検討との連携を図りつつ、計画的かつ速やかに実施するとした組織改革の基本方針。
その要旨は、(1)不祥事の再発防止のため抜本的組織改革を行う。文民統制を確保し、人材を有効に活用して自衛隊を積極的・効率的に機能させる。文官と自衛官はそれぞれ専門的知識や経験があり、内局、統合幕僚監部、各幕僚監部で両者が混在し、協働することが全体最適のために必要。(2)防衛省改革会議の報告書は官邸の司令塔機能を強化するため、官邸が安全保障戦略を策定することを提言。防衛省は官邸の戦略策定に寄与し、防衛政策を企画・立案、発信する機能を強化するため、次長クラスに自衛官を充て、自衛官の知見を直接反映する。(3)統合幕僚監部の機能強化のため、自衛隊を抑制的に管理し、防衛力整備を重視する時代から、不審船等への対処、国際平和協力活動など多様な役割を果たす自衛隊を的確に運用する時代に変化したのに対応して運用企画局を廃止し、運用を一元的に担う新たな統幕を構築し、また、運用企画局と統幕の業務重複を解消し、一体的に業務を行えるよう同局を廃止し、統幕が基本的に機能を担う。同局所掌の「自衛隊の行動の基本に関すること」は内局の所掌としない。統幕は自衛隊運用の企画・立案や他府省との連絡調整などを遂行。具体的業務は防衛政策局との関係を考慮し、決定。国会対応の在り方は今後検討。統幕の副長クラスに文官を充てる。(4)省として統一的、効率的な防衛力整備事業等を行うため内局、各幕の防衛力整備部門を統合し、一元的に取り扱う新たな局を内局に設置。(5)統合幕僚学校など自衛官の教育の内容はバランスを重視する。
以上の基本方針の柱は、内局と陸海空各幕僚監部の防衛力整備部門を一元化し、内局官僚（背広組）と自衛官（制服組）の混合を進め、自衛隊の運用は内局の運用企画局から制服組主体の統合幕僚監部に移管するなど。これにより自衛隊の文民統制（シビリアンコントロール）が機能するのかどうかが注目される。
防衛省は、09年度に実施する組織改革としては、(1)防衛会議の公式化、(2)防衛参事官制度の廃止と防衛大臣補佐官の新設を目指し、09年6月、防衛省設置法改正を行った。また13年12月、自衛隊の運営に関し、文官（背広組）からなる運用企画局を廃止し、幹部自衛官（制服組）からなる統合幕僚監部に一元化する方針を固め、14年度からの実施を目指すとした。自衛隊の運用は制服組の管轄になり、従来の文民統制が変わる。