2005年6月までに市町村合併を行う市町村が、新市建設事業を実施するための財源に特例的な地方債を充てることができる制度。起債充当率95％、償還財源の70％は交付税の基準財政需要額に算入されるという特典がある。市町村合併へのアメとして魅力的ではあるものの、建設事業を行えば合併後の返済と維持管理費の負担が待っており、その活用については慎重な検討が必要であったが、多くの団体で多額の起債が行われ、その後遺症に悩んでいるのが実情である。12年6月に合併特例債延長法が参議院で全会一致で可決、成立した。東日本大震災の被災地では合併後20年間、被災地以外は15年間にわたり発行が可能になった。