特別交付税は地方交付税の総額（国税の所得税と酒税の32％、法人税の34％、消費税の29.5％、たばこ税の25％）の6％で、年度途中の災害対策、普通交付税でカバーできない地域的財政需要（除雪費用、シラス台地対策など）を財政支援する仕組み。2012年度地方財政への対応策では、この6％を4％とすることとしていた。従来も特別交付税は中央政府の裁量の余地が大きいとされ、地方への統制の手段として使われているという批判があったものである。13年度から4％とするが、12年度は激変緩和措置として1％（1737億円）を普通交付税に移すとして法案が提出された。しかし、11年3月11日の東日本大震災に対応した、地方交付税の前倒し交付9767億円（4月1日に4月分概算交付に合わせて6月分を繰り上げ交付したもの）や特別交付税の特例交付762億円（4月8日に被災団体への特別交付税の特例交付）を実施するなど、大規模災害に財政的に対応する中で、この特別交付税の割合を6％から4％とする改正は、国会での修正で14年度に5％にするとして4年間延ばされた。なお、特別交付税の率を6％から4％とする改正については、15年の地方財政対策では18年以降へさらに延ばされた。