新たな安全保障環境や厳しい財政事情に対応すべく、各自衛隊を一体的、有機的に運用すること。このため、既存の組織などの見直しと効率化を図り、2006年3月に防衛庁長官（現大臣）の補佐機構として、統合幕僚会議が統合幕僚監部に改組された。この統合幕僚監部の長たる統合幕僚長が、三自衛隊を含む統一的な運用構想を立案して、長官を一元的に補佐し、また、長官の指揮は統合幕僚長を通じて行い、自衛隊の運用に関する命令も統合幕僚長が執行する。さらに、情報本部が長官直轄組織となり、その中に、統合情報部が設置された。（→「防衛省情報本部」）