民間の住宅ローンの借り入れに当たっては、保証会社の保証を得なければならず、その際、保証料の負担が必要になる。これにより、利用者は原則的に保証人を用意する必要がない。住宅ローン利用者が住宅ローンの返済を続けることができなくなったとき、保証会社が金融機関にその時点のローン残高を肩代わりする（代位弁済）。したがって、代位弁済となった場合、利用者にとっては債権者が金融機関から保証会社に移り、その後は保証会社との交渉になる。この保証料支払い方法には、借入時に一括払いする外払い方式と、毎月の金利に上乗せする内払い方式とがあり、外払い方式の場合には、1000万円当たり20万円ほど（35年返済）、内払い方式では金利0.2％程度の上乗せになる。外払い方式のほうが総額が少なくなるため、外払い方式を利用する人が多い。なお、住宅金融支援機構と民間提携の「フラット35」は保証料無料。