大豆に含まれるイソフラボンは、化学構造が人の女性ホルモンのエストロゲンに似ていることから、摂取すると体内で女性ホルモン様に働く。プラスの面として、閉経後の女性のエストロゲン不足によって起こる骨粗しょう症の予防効果がある。マイナスの面として外部からホルモン様物質を摂取することは、本来のホルモンバランスを崩す恐れがある。イソフラボンを強化した食品が相次いで販売されていることから、2006年、食品安全委員会はその摂取に目安を設けた。その量は、大豆の1日摂取目安量の上限をイソフラボンのアグリコンとして70～75mg/日とし、特定保健用食品からの摂取上限量を30mg/日とした。また、妊婦や小児、乳幼児は日常の食事以外に大豆イソフラボンは摂取しないようにという目安を示した。

表「イソフラボンの含有量（換算値）」