特定口座は、金融商品取引業者が投資家に代わって上場株式等の譲渡損益を計算する口座のこと。源泉徴収するタイプとしないタイプに分かれる。源泉徴収しないタイプは金融商品取引業者が計算した資料に基づいて確定申告をする。源泉徴収するタイプ（→「源泉徴収選択口座」）は、確定申告をしなくてよいが、その特定口座以外に譲渡損失がある場合は確定申告をすることもできる。特定口座を通じて上場株式等を譲渡した場合の譲渡益に対する源泉徴収税率は、20.315％（所得税15％、復興特別所得税0.315％、住民税5％）。2013年度の税制改正で、16年1月1日から特定口座を開設している金融商品取引業者等への買付けの委託により取得した特定公社債等（→「特定公社債等に対する課税」）またはその金融商品取引業者等から取得した特定公社債等を、その特定口座へ受け入れることができることになった。この場合には、特定口座内の特定公社債等に係る譲渡所得等の金額と特定口座以外の特定公社債等に係る譲渡所得等の金額は、区分してこれらの金額を計算する。さらに、15年12月31日以前に取得した特定公社債等を、16年1月1日に特定口座に受け入れることができる。また、16年1月1日から同年12月31日までの間は、自己が保管する特定公社債等を実際の取得日及び取得価額で特定口座に受け入れることができる。