給与所得者が1年間に得た給与所得について、勤務先が確定申告するのと同様の計算をすることをいう。給与所得者は、毎月の給与の支払時に所得税を源泉徴収されるが、これは暫定的なものである。年間の税額を計算して源泉徴収税額が多い場合は還付し、少ない場合は追加徴収する。給与総額が2000万円以下の人だけが対象になる。
2018年度の税制改正で、所得金額が2400万円（給与年収2595万円）を超えると基礎控除額が減額されることになった。そこで、年末調整をする場合には、その年の合計所得金額の見積額を記載した給与所得者の基礎控除申告書により、基礎控除額を決定する。さらに、給与の収入金額が850万円を超えており、本人が特別障害者であるか、23歳未満の扶養親族を有する人、特別障害者である同一生計配偶者や扶養親族を有する人は所得金額調整控除を受けることができるが、年末調整でも可能になる。（→「所得税の基礎控除」「所得金額調整控除」）