政府の総合科学技術・イノベーション会議が策定した政策目標を省庁の壁を越えて具体化するために、2011年から総合科学技術会議（当時）と各省庁の協力の下で策定されているプラン。第4期の科学技術基本計画でうたわれた課題解決型のイノベーションを、予算面で裏付けするためのプロセス改革とされる。概算要求に先立って提示され、政府全体の科学技術予算を重点施策に誘導する。13年向けには、「復興再生並びに災害からの安全性向上」「グリーンイノベーション」「ライフイノベーション」「基礎研究の振興および人材育成の強化」が最優先の重点的取り組みの対象とされた。また、これ以外のものとして、「安全かつ豊かで質の高い国民生活の実現」や「我が国の産業競争力の強化」などが重点施策パッケージとして特定された。15年には、14年とほぼ同じく、「クリーンで経済的なエネルギーシステムの実現」「国際社会の先駆けとなる健康長寿社会の実現」「世界に先駆けた次世代インフラの整備」「地域資源を強みとした地域の再生」「東日本大震災からの早期の復興再生」が重点的取り組みの対象となった。