純粋な物質を細かくしていったとき、その物質の性質をもつ最小の単位を分子という。ヘリウム（He）などの希ガスは原子そのものが分子であるが、二酸化炭素（CO₂）やグルコース（C₆H₁₂O₆）のようにいくつもの原子の共有結合（covalent bond）によってできているのが普通である。食塩はNa⁺（ナトリウムイオン）とCl^-（塩化物イオン）とのイオン結合（ionic bond）でできていてNa⁺とCl^-が交互に無限につながっており、NaCl分子は存在しない。フッ化水素（HF）分子はF原子がH原子よりも電子を引きつける力が強いために共有電子がF原子の方に偏り、H原子とF原子がわずかに正と負の電荷を帯びる（H^δ+－F^δ-）。このような分子は、分子間に生じる弱い静電気的な結合である、水素結合 （hydrogen bond）をつくる。分子間には水素結合のほかにファン・デル・ワールス力（van der Waals force）と呼ばれる分子間力が働いている。このような分子間力によって分子は凝集して液体や固体になる。

図「物質の構造」

図「化学結合」