憲法65条によって「行政権は内閣に属する」が、この内閣の統括の下に府・省その他の行政機関を設けて、国の行政事務を執行管理させることになっている。内閣府は国家行政組織法の外に置かれる。政府全体の見地からの関係行政機関の連携の確保を図るとともに、内閣総理大臣が政府全体の見地から管理することがふさわしい行政事務の円滑な遂行を図ることが任務。内閣法にいう主任の大臣は内閣総理大臣。沖縄・北方対策および金融庁所管事項については特命担当大臣を置く。また、内閣官房長官および内閣官房副長官、官房副長官補3人、副大臣3人、政務官3人、事務次官1人が置かれ、本府には内閣官房審議官2人、官房および局、統括官7人が置かれている。また、重要政策に関する会議のほか、内閣総理大臣の管理する機関として宮内庁が置かれている。外局として国家公安委員会、金融庁、公正取引委員会が置かれている。内閣府設置法には国家行政組織法と符合する内容が相当に盛り込まれている。2001年1月にそれまでの1府12省8大臣庁1委員会の編成を、1府（内閣府）10省1庁1委員会にくくりなおしたが、07年の防衛省の発足により11省体制となった。08年10月1日、国土交通省の外局として観光庁が新設。外局新設は01年の中央省庁再編以来、初めて。09年5月29日、内閣府の外局として消費者庁が新設された。
省・委員会は、国家行政組織法に規定されている、内閣の統括の下における行政機関で、内閣府以外のもの。委員会および庁は省の外局に置かれる。各省の長は「各省大臣」と呼ばれ、主任の大臣として行政事務を分担管理する。各省に副大臣、政務官、秘書官のほか、事務次官1人を置き、庁には次長を置くことができる。また、内部部局として官房と局を置き、総括整理職を置くことができる。委員会には事務局を置く。特別の職（総務審議官など）、審議会等、施設等機関、特別の機関、地方支分部局、外局を置くことができる。課や室については省令で定めることができる。