使途を特定して国庫から自治体に支出交付する資金の総称で、一般には国庫補助金と呼んでいる。地方財政法ではその内容・性格により、(1)自治体が実施する事務の経費の一定割合を国が義務的に負担する国庫負担金、(2)国が行うべき事務を自治体に処理させる際の必要な経費を支出する国庫委託金、(3)特定の施策の実施の奨励や財政援助のための奨励的、財政援助的補助金に区分している。国庫支出金は2003年度純計決算額の13.9％を占め、重要な財源であるが、主管省庁がその交付を通じて自治体の事務運営を細かく規制しているので、その整理合理化など改善策が要請されている。しかし、各省庁の権益の壁が厚く、さらに個々の自治体も実際には国庫補助事業に依存し優先しがちであるので、その改善・合理化はなかなか進まない。04年夏には、全国市長会、全国知事会、全国町村長会など地方六団体が3兆2000億円にのぼる具体的な補助金削減提言を行った。三位一体改革での一部補助金の4兆円規模の廃止・縮減後も、交付金などのかたちでの国庫支出金の新設が一方で行われているため、12年度の地方財政計画でも11兆7604億円と歳入の14.3％を占めている。