行政改革会議の提言を受けて、1998年4月に新設された。官房副長官に準ずる地位とされている。テロやハイジャック、大規模災害など緊急事態が発生した際に、その最初の局面において内閣として必要な措置を判断し、初動措置について関係省庁と迅速に総合調整することが任務とされる。ただし国防など高度の政治判断が必要とされる事態は任務の対象外となっている。危機管理監の新設に対応して、内閣安全保障室は内閣安全保障・危機管理室に改組され、人員も5人増え、室長を含めて33人となった。このうち警察庁などから出向の11人が危機管理業務を担当したが、2001年改正で、室は廃止された。