内閣官房において内閣官房長官を補佐する役職。閣議に陪席する。政務を担当する2人と事務を担当する1人からなる。政務担当副長官は、当初は1人で、与党や国会やマスコミと内閣との連絡調整を主な任務としている。連立内閣時代を含めて、政務次官を経験した当選3～4回の衆議院議員が就任する場合が多いが、内閣官房の働きを高めるために、主に首相と同じ派閥の大臣経験者が任命されることも時々ある。この官房強化の一環として第1期小渕内閣から政務担当副長官が1人から2人に増員された。事務担当副長官は、内閣に上がってくる問題に関して省庁間の意思の調整を図り、自民党政権では閣議にかかる案件の整理のために開かれる事務次官等会議を官房長官の代理として主宰し、閣議では一般案件について説明を行った。しかし、民主党政権になってから、事務次官等会議は廃止され、その役割はあいまいになったが、省庁にまたがる案件について取りまとめる役割が割り振られている。事務担当副長官は旧内務省系官庁の事務次官経験者によって占められている。在任期間は2年前後が多かったが、最近は長期化する傾向が見られる。それに伴い、衆参両院議員から各1人が任命されることになった。ちなみに新聞等で「政府筋」の発言とされる場合、官房副長官を指すことが多い。