慢性的な下痢は、胃腸の働きが悪いために飲食物の消化吸収が滞り、水分代謝に問題がある場合に起こりやすい。漢方医学的には、血液以外のリンパ液などを指す水（すい）の働きが悪いと下痢が起こりやすい、と考える。この場合は、水のめぐりを調節する五苓散（ごれいさん）が代表的な処方である。また、日頃から下痢をしやすく、腹痛を伴う場合は、生姜（しょうきょう）、芍薬（しゃくやく）、シナモン、ナツメなどを含む桂枝加芍薬湯（けいしかしゃくやくとう）や小建中湯（しょうけんちゅうとう）などが用いられる。冷たい飲食物などによって腹が冷えると、下痢が顕著になる場合は、温めることが大切であり、人参湯（にんじんとう）や真武湯（しんぶとう）などが使用される。冷えると腹にガスがたまり、腹痛をともなうときは大建中湯（だいけんちゅうとう）が有効な場合がある。そのほかストレスによって下痢を起こすこともある。この場合は下痢に対する処方だけでなく、原因となるストレスにも考慮することが大切である。たとえば、抗ストレス作用のある柴胡（さいこ）を含む柴胡桂枝湯（さいこけいしとう）、加味逍遥散（かみしょうようさん）、抑肝散加陳皮半夏（よくかんさんかちんぴはんげ）などを併用することもある。