「日本薬局方」において、生薬の基原（基となるもの）、また、成分含量、精油含量などの基準が定められている。ある種の生薬では、指標となる有効成分が知られている。例えば、黄連（おうれん）、黄柏（おうばく）はベルベリン、甘草（かんぞう）のグリチルリチン、黄ゴン（おうごん）はバイカリン、牡丹皮（ぼたんぴ）はペオノール、大黄（だいおう）はセンノシド、延胡索（えんごさく）はデヒドロコリダリン、芍薬（しゃくやく）はペオニフロリンで含有量が規定されている。生薬は、基原も大切であり、特に、木通（もくつう）、防已（ぼうい）などでは腎障害の危険のあるアリストロキア酸を含むものと混同する恐れがあるため注意が必要である。アリストロキア酸は、アリストロキア属の植物に含有されている成分であり、腎障害を起こす危険性や発がん性があると報告されている。関木通（かんもくつう）、広防已（こうぼうい）のほか、青木香（せいもっこう）や葉柄を含む細辛（さいしん）などにアリストロキア酸が認められているが、いずれも「日本薬局方」では許可されていない基原や部位の生薬である。このため、「日本薬局方」に記載されている生薬を使用する限りは問題ないが、国外品は注意が必要である。