スーパーセルや巨大な積乱雲の中の上昇気流を中心とした直径2～10キロメートルの低気圧性に回転する渦。水平規模2～2000キロメートルの現象を包括するメソスケールの低気圧をメソ低気圧と呼ぶことがあるが、メソサイクロンはメソ低気圧とは異なりスケールは小さいが渦は格段に強い。上下方向の風向風速の違いが大きくなると水平方向の渦が生じるが、この渦を上昇気流が上下方向に引き起こす過程でメソサイクロンが形成される。メソサイクロンを伴うスーパーセルや巨大積乱雲では竜巻が発生することが多い。気象用ドップラーレーダーで回転する風を観測してメソサイクロンを探知することにより竜巻注意情報が発表されている。