2014年に12チームで発足。15年は13チームで開催。1993年に10チームでスタートしたJリーグは毎年加盟クラブを増やし、99年には16チームのJ1（1部）に加え、10チームによるJ2（2部）を創設した。その後も毎年のように新加盟クラブを迎え、2012年にはJ1が18クラブ、J2が22クラブの「定数」に達し、13年には初のJリーグからJFL（日本フットボールリーグ）への降格（町田ゼルビア）も生まれた。その一方、全国30都道府県に40クラブとなっても、さらに20近くのクラブからの加盟希望がある状況を踏まえ、J3設立が決められた。J2との入れ替え戦はあるが、J3は「完全なプロクラブの前段階」的な位置づけとなっている。Jリーグ加盟の条件で最も厳しかったスタジアムの整備（入場可能数がJ1は1万5000人、J2が1万人）を大幅に緩和して、入場可能数を5000人以上としている。J3での活動を通して地域との連携を深め、それによってホームタウンにJ2以上の基準に達するスタジアムの整備を進めてもらおうという考え方。特別枠としてJリーグの22歳以下選抜チーム（U-22選抜チーム）も出場するが、ホームスタジアムはもたない。15年にレノファ山口（山口県）がJFLから昇格し、J1からJ3まで合わせると、Jリーグは37都道府県をカバーし、全52クラブとなった。