金融商品（証券）取引において、決済日に引き渡しが行われる証券と、支払いが行われる資金の金額とを計算して確定させ、決済機関に対して証券や資金の振替指図を行う機関。清算機関は、しばしばセントラル・カウンター・パーティ（CCP）として、売り手と買い手の間に入って、すべての取引の決済を保証するとともに、決済リスクを軽減するためにネッティング（差額決済）を行うのが通例である。日本では、日本証券クリアリング機構（JSCC）が、2003年の開業以来、全国の証券取引所における株式取引および東京証券取引所における上場デリバティブ取引の清算業務を行ってきたが、13年1月には日本取引所グループの発足に伴い、大阪証券取引所の上場デリバティブの清算機能を統合した。また、同年10月には、日本国債清算機関と合併し、国債の店頭取引の清算業務を統合した。このほか、国際的な店頭デリバティブ規制の強化に対応すべく、11年7月にクレジット・デフォルト・スワップの清算業務、12年10月に金利スワップの清算業務をそれぞれ開始した。