委員会の実際の運営は、委員長と各会派が選任（形式的には委員長の指名）する理事による委員会理事会、または理事の非公式の会合である理事懇談会での協議により行われている。理事会は国会法の定める機関ではないが、会派（政党）による委員会運営を実現するための機関であり、国会運営をめぐる会派の駆け引きが繰り広げられる場となっている。理事の数は、委員会の数、会派の数と所属議員数、理事の総数などを考慮した複雑な計算式により事務局が算出しているが、委員会に理事を出せるか否かは、その委員会の運営に関与できるか否かの決定的な分かれ目になる。