国家行政組織法の適用対象は、内閣の統轄の下に行政事務をつかさどる行政機関で、内閣府は対象外。国家行政組織は、任務および明確な範囲の所掌事務を有する行政機関の全体によって、系統的に構成される。従来「所掌事務の範囲及び権限」とされてきた規定が「達成すべき行政目的としての任務及びこれを達成するため必要となる所掌事務の範囲」と改められた。各省大臣はそれぞれ行政事務を分担管理する。