総理大臣（首相）を主任の大臣とする行政機関。内閣官房を助け、内閣の重要政策に関する内閣の事務を助けるため、行政各部の施策の統一を図るために必要となる企画・立案、ならびに総合調整に関する事務を行う。具体的には、経済財政政策や総合科学技術政策、防災や男女共同参画などがこれにあたる。そのほか、栄典・公式制度や消費者行政なども担当する。宮内庁もここに置かれるほか、外局として、国家公安委員会、金融庁がある。内閣府本府には賞勲局等のほか、学者など民間からの起用が可能な政策統括官7人が置かれている（経済財政運営担当、経済社会システム担当、経済財政分析担当、科学技術政策イノベーション担当、防災担当、沖縄政策担当、共生社会政策担当）。また、小泉内閣では島田晴雄慶大教授が内閣府特別顧問（非常勤）に任命された。本府には、さらに、経済財政諮問会議や総合科学技術会議などの重要政策に関する会議が置かれている。外局の長は国務大臣がついている。国務大臣が長となる庁を大臣庁という。また、行政各部の統一を図るために必要となる企画・立案・総合調整のために特命担当大臣を置くとされている。2001年1月の中央省庁再編に伴い、かつての総理府や経済企画庁などを統合して発足した。