政府の政策等に関して相互の調整に資するために設けられた内閣官房副長官（政務）と副大臣を構成員とする会議で、国会審議活性化法（1999年）に定められている。副大臣会議は内閣官房副長官が議長を務め、協議の結果を首相や閣僚懇談会に報告することができ、報告に基づき首相が閣議で検討を指示することもある。副大臣会議の下には、中・長期の政策課題を検討する複数のプロジェクトチームが設置されている。また、法令上の根拠はないが、政務官をメンバーとする政務官会議も新たに発足した。その役割に関しては、単なる連絡調整から政策の具申までが考えられている。これとは別に、特定のテーマ（例えば被用者年金の一元化）について、関係する省庁の副大臣をメンバーとする会議も副大臣会議と呼んでいる。