2001年1月の中央省庁再編に伴い、政務次官を廃止する代わりに中央省庁に置かれた政治的任命にかかる役職。政治家の主導性を高めるために導入された。副大臣は認証官で、大臣の命を受け、政策と企画をつかさどり、政務を処理し、大臣不在のときには大臣の職務を代行するとされる。大臣規範によると、閣僚の最終判断の前に副大臣の決裁を求める体制を常例化する、また、内外の重要な会議への出席や国会での答弁などを行うほか、各省庁提出法案に関しては、担当副大臣を定め、責任をもって職務を遂行する、とされている。人数は官房副長官を除き、内閣府が3人、法務省と環境省と防衛省が各1人のほか、各省庁各2人で合計22人。衆議院議員では当選回数が4～6回の議員が任命されている。大臣経験者はまれである。副大臣の地位は、民主党政権になってから、各省庁では大臣・副大臣・政務官からなる政務三役中心の政治運営となったために、格段に強まった。（→「副大臣会議」）