投資に対する中立性という視点から、利子、配当、株式の譲渡損益など金融資産から生じる所得を一つにして課税する金融所得の一体課税の制度が導入されている。これまでは申告分離課税を選択した上場株式等の配当と上場株式等の譲渡損失の損益通算を認める規定だけにとどまっていた。この点について、2013年度の税制改正で、16年1月1日から特定公社債等（→「特定公社債等に対する課税」）についての利子等、譲渡所得等を損益通算の対象に加える。損益通算をしても譲渡損失が残る場合は、翌年以降3年以内に生ずる上場株式等の配当または譲渡益との損益通算（繰越控除）を認めているが、この措置を特定公社債等についても適用する。これとは別に、税金の計算を簡略化するために、源泉徴収選択口座内での譲渡損失と配当の損益通算も認められている。（→「上場株式等の配当課税」「上場株式等の譲渡益課税」）