上場株式等の譲渡益に対する課税は、申告分離課税（→「総合課税／分離課税」）による。税率は20.315％（所得税15％、復興特別所得税0.315％、住民税5％）。譲渡損失が生じた場合は、その年の上場株式等の配当や特定公社債等の利子（2016年1月1日から）との損益通算を認めるほか、翌年以降3年間の上場株式等の譲渡益や配当、特定公社債等の利子との相殺を認める繰越控除（→「上場株式等の譲渡損失と配当の損益通算」）が適用される。