クラミジア・トラコマティスという細菌の感染により発症する。この菌の感染は、かつては失明することもあるトラコーマ（慢性角結膜炎）を起こすことが重要だったが、最近では急増している性行為感染症としての非淋菌性尿道炎の主な原因として問題になっている。男性では前立腺炎や副睾丸炎、女性では子宮頸管炎や子宮内膜炎を起こす原因になる。