原因となるウイルスは、カリシウイルスに属するRNAウイルスで、感染から発病までのE型肝炎の潜伏期は平均5～6週といわれる。B型肝炎やC型肝炎が血液からの感染が主要な感染ルートであるのに対し、E型肝炎はA型肝炎のように糞便による水の汚染を主なルートとしていた。したがって、特に開発途上国での感染が問題視されていたが、最近では渡航歴のない人や輸血を受けた人、さらに野生の鹿やイノシシを生で食べた日本人に感染や発症をさせており、注目を集めている。