染色体を構成するDNAを制限酵素で適当な大きさ（7.5×10³～2.1×10⁴塩基対）に分断し、遺伝子の運び屋であるウイルスのファージ・ベクター（phage vector）などに組み込み、増殖させたもの。また、全mRNAからcDNAを合成し、プラスミド・ベクターに組み込み、増殖させたものについてはcDNAライブラリーという。