多数の細胞において、細胞内の遺伝子やたんぱく質の挙動を網羅的に解析する方法で、検討したい試料（刺激）に対して細胞内の物質（遺伝子やたんぱく質）の局在と量の変化や形態変化を含めた多くの細胞の情報を収集して、試料との相互関係を解明することができる。一度の実験で、多種類の細胞に対して多数のパラメーターを解析することができ、細胞レベルのハイスループット解析法である。