当初予算が成立した後に生じた政策変更のために編成されるのが補正予算であるが、総額が7780億円の2016年度の補正予算（第1号）は16年5月13日に閣議決定され、5月17日に成立した。この補正予算では16年4月14日以降に発生した熊本地震の復旧事業費等が計上されている。例えば、住宅の確保、被災者生活再建支援などの災害救助、被災者の事業再建、道路・施設等のインフラ復旧事業、災害廃棄物処理等の迅速化などが挙げられている。