補正予算は社会・経済事情によっては第1次補正だけでなく、第2次、第3次の補正を編成することがある。2016年度については第3次補正まで編成された。16年12月22日に閣議決定され、17年1月20日、国会に提出され、31日に政府案通りに成立した。この補正予算では、歳入については景気の停滞による税収の減少を賄うための赤字国債の追加発行、歳出については熊本地震や豪雨、台風などの対策費、国際機関分担金及び拠出金、さらに自衛隊の安定的な運用態勢の確保などが計上されている。