1990年代以降の武力紛争の頻発で深刻化した問題。国連難民高等弁務官（UNHCR）事務所によれば、2007年末現在、アフリカの難民、国内難民などUNHCR援助対象者総数は約1073万人で、世界総数約3168万人の3分の1を占める。アンゴラ、シエラレオネなどの紛争終結とともに、近隣諸国に避難していた難民の帰還が始まったが、スーダン・ダルフールでは03年以来、新たな難民が発生している。