たんぱく質（プロテイン　protein）の集合体のこと。DNAの集合体（集団）の意味でゲノムという言葉があるが、たんぱく質の場合のそれに相当する。RNAについても同様の発想からトランスクリプトーム（transcriptome）という言葉が使われている。ゲノム研究から派生した新概念で、従来のDNA→RNA→たんぱく質という遺伝情報の流れもゲノム→トランスクリプトーム→プロテオームとしてとらえ直される方向にある。さらに近年、たんぱく質の機能の決定などにおける糖鎖の重要性が認識され、糖鎖構造を考慮したプロテオーム（グライコプロテオーム　glycoproteome）という提案がある。