血液と脳の間に存在し、血液中の物質の脳への浸透を選択的に制限している障壁。機能的なもので実際にある構造ではない。アニリン色素を動物に注射すると、一般の臓器は濃く染色されるが、脳は染まらないことから、この存在が示された。脳の毛細管内皮やグリア細胞がこの関門に関与している。グルコース、アルコール、酸素などは、この関門を容易に通過する。この関門によって脳細胞が保護されていると考えられている。